Universidad de Alicante

Mª JOSÉ BONETE PÉREZ

DATOS PERSONALES

Catedrática de Universidad Departamento de Agroquímica y Bioquímica
Correo electrónico: mjbonete@ua.es
Teléfono: 965903524
Breve resumen de trabajo: Análisis de determinantes estructurales y moleculares de la adaptación halófílica y a otros ambientes extremos. Inmovilización y modificación de enzimas de bacterias extremófilas.

CV abreviado

UNIDAD DE INVESTIGACIÓN 1

Análisis estructural y molecular de organismos.

LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN

• Biotecnología de enzimas extremofílicas

-Producción de enzimas y metabolitos de interés biotecnológico

-Diseño de biocatalizadores con amplio rango de utilización de sustratos y de estabilidad térmica

-Expresión y determinación de estructuras 3D de proteínas halofílicas

• Genómica, proteómica y transcriptómica de organismos extremófilos

-Proteómica de microorganismos halofílicos

-Análisis de expresión génica mediante microarrays y RNA-seq

-Estudios de regulación génica

-Análisis de redes reguladoras de genes

• Metabolismo del Nitrógeno y Carbono en Haloarqueas

-Estudio de enzimas implicadas en el metabolismo del nitrógeno y carbono

-Identificación de reguladores transcripcionales implicados en el metabolismo del nitrógeno y carbono

• Metabolismo de RNA

-Identificación y caracterización de small RNAs

-Identificación y estudio de proteínas implicadas en el metabolismo de RNA (familia Sm)

• Biología de sistemas

-Estudio de redes reguladoras de genes en microorganismos extremófilos

• Utilización de marcadores moleculares como control de calidad

-Obtener marcadores moleculares válidos para la identificación de variedades de almendra utilizadas en la fabricación de turrones y mazapanes.

• Elaboración de cerveza artesanal: enzimas

-Desarrollo de métodos para la determinación de metabolitos en cervezas artesanales

GRUPO DE INVESTIGACIÓN

Biotecnología de Extremófilos

PUBLICACIONES RECIENTES

Repositorio Institucional UA: http://rua.ua.es/dspace/handle/10045/162?locale=es

Capítulos de libro:

• Esclapez, J.; Camacho, M.; Pire, C.; Bautista, V.; Vegara, A.; Pedro-Roig, L.; Pérez-Pomares, F.; Martínez-Espinosa, R.M.; Bonete, M.J. (2016). Recent Advances in the Nitrogen Metabolism in Haloarchaea and Its Biotechnological Applications. EN: “Biotechnology of Extremophiles: Advances and Challenges”. / Rampelotto, Pabulo H (Ed.) / Springer. pp: 273 – 301. ISBN: 978-3-319-13520-5.
• Torregrosa-Crespo, J; Martínez-Espinosa, R.M.; Esclapez, J.; Bautista, V.; Pire, C.; Camacho, M.; Richardson, D.J.; Bonete, M.J. (2016) Anaerobic metabolism in Haloferax genus: denitrification as case of study. EN: “Advances in microbial physiology: advances in bacterial electron transport systems and their regulation” / Elsevier Science. pp: 41-86. ISBN: 978-0-12-804823-8.
• Bonete, M.J.; Bautista, V.; Esclapez, J.; García-Bonete, M.J.; Pire, C.; Camacho, M.; Torregrosa-Crespo, J.; Martínez-Espinosa, R.M. (2015) New Uses of Haloarchaeal Species in Bioremediation Processes. EN: “Advances in Bioremediation of Wastewater and Polluted Soil” / Prof. Naofumi Shiomi (Ed.) / Intech. pp: 23 – 49. ISBN: 978-953-51-2165.
• Esclapez, J.; Camacho, M.; Pire, C.; Bonete, M.J. (2013) Biochemical Analysis of Halophilic Dehydrogenases Altered by Site-Directed Mutagenesis. EN: “Genetic Manipulation of DNA and Protein: Examples from Current Research” / Figurski, D. (Ed) / Intech. pp: 17 – 42. ISBN: 978-953-51-0994-5.
• Bonete, Mª.J.; Martínez-Espinosa, R.Mª.; Pire Galiana, C.L.; Esclapez Espliego, J.Mª; Camacho Carrasco, M.L. (2013) Biochemistry teaching in high academic achievement groups/Docencia de Bioquímica en grupos de alto rendimiento académico (ARA). EN: “Diseño de acciones de investigación en docencia universitaria” / Álvarez, J. D.; Tortosa, M. T. y  Pellín, N. (coords.) /  ICE/Vicerrectorado de Estudios e Innovación Educativa, Universidad de Alicante. pp: 2832 – 2846. ISBN: 978-84-695-6638-1.
• Bonete, M.J.; Marhuenda-Egea, F.C.; Pire, C.; Ferrer, J.; Martínez-Espinosa, R.M. (2004) Nitrate Assimilation in Haloarchaea .  EN: “Halophilic Microorganisms” / Ventosa, A. (Ed). / Springer-Verlag. pp: 193-212. ISBN: 978-3-540-00926-9.
• Bonete, M.J.; Martínez-Espinosa, R.M. (2011). Enzymes from halophilic Archaea: open questions. EN: “Halophiles and Hypersaline Environments”./ Ventosa, Antonio; Oren, Aharon; Ma, Yanhe (Eds.) / Springer-Verlag. Pp: 359-371. ISBN: 978-3-642-20197-4.
• Marhuenda-Egea, F.C.; Esclapez Espliego, J.; Hernández Alarcón, J.A.; Martínez-Espinosa, R.M.; Pire C. (2010). Red para la elaboración de guías docentes para la asignatura de Bioquímica en las titulaciones de Ciencias de la Salud. EN: “La comunidad universitaria: tarea investigadora anta le práctica docente”. / Álvarez, J.D.; Tortosa, M.T.; Pellín, N. / Universidad de Alicante. Pp:183-217. ISBN: 978-84-693-9262-1.
• Pedro-Roig, L.; Camacho, M.; Bravo, G.; Bautista, V.; LLorca, F.; Bonete, M.J. (2009). El Metabolismo del Nitrógeno en Haloferax mediterranei desde el punto de vista de la proteína PII. EN: “Avances en el metabolismo del nitrógeno: de la genómica y la proteómica a las aplicaciones agronómicas, industriales y medioambientales”. / Bonete, M.J.; Martínez-Espinosa, R.M. / Editorial Club Universitario. Pp: 131-136. ISBN: 978-84-8454-806-5.
• Pire, C.; Martínez-Espinosa, R.; Esclapez, J., Pérez-Pomares, F.; Bonete, M.J. (2009). Secuenciación y caracterización de glutamato sintasa de Haloferax mediterranei . EN: “Avances en el metabolismo del nitrógeno: de la genómica y la proteómica a las aplicaciones agronómicas, industriales y medioambientales”. / Bonete, M.J.; Martínez-Espinosa, R.M. / Editorial Club Universitario. Pp: 137-146. ISBN: 978-84-8454-806-5.
• Bravo-Barrales, G.; Pedro-Roig, L.; Camacho, M.; Pire, C.; Díaz, S.; Bonete, M.J. (2009). Expresión diferencial de proteínas en Haloferax mediterranei asociada a la fuente de nitrógeno. EN: “Avances en el metabolismo del nitrógeno: de la genómica y la proteómica a las aplicaciones agronómicas, industriales y medioambientales”. / Bonete, M.J.; Martínez-Espinosa, R.M. / Editorial Club Universitario. Pp: 51-55. ISBN: 978-84-8454-806-5.
• Martínez-Espinosa, R.M.; Richardson, D.J.; Butt, J.N.; Bonete, M.J. (2009). Haloarqueas desnitrificantes: ¿Biorremediadores o contribuidores al cambio climático? EN: “Avances en el metabolismo del nitrógeno: de la genómica y la proteómica a las aplicaciones agronómicas, industriales y medioambientales”. / Bonete, M.J.; Martínez-Espinosa, R.M. / Editorial Club Universitario. Pp: 203-210. ISBN: 978-84-8454-806-5.
• Bonete, M.J.; Camacho, M.; Martínez-Espinosa, R.M.; Esclapez, J.; Bautista, V.; Pire, C.; Zafrilla, B.; Díaz, S.; Pérez-Pomares, F.; Llorca, F. (2007). In the light of the haloarchaea metabolism. EN: “Communicating Current Research and Educational Topics and Trends in Applied Microbiology” / Méndez Vilas, A. / Formatex. Pp: 170-183. ISBN: 978-84-611-9422-3.
• Villacampa,Y.;García-Alonso,F.;Reyes,J.A; Martínez-Espinosa,R .M & Bonete,M.J. (2007). A family of models to study the growth of Haloferax mediterranei in different conditions. EN: “Ecosystems and Sustainable Development VI” / Tiezzi,E. ; Marques, J.C.; Brebbia,C.A. & Jorgensen / ECOSYSTEMS AND SUSTAINABLE DEVELOPMENT. Pp: 61-67. ISBN: 978-1-84564-088-0.
• Stres, B.; Bonete, M.J.; Martínez-Espinosa, R.M.; Mahne, I.; Bothe, H. (2006). Organims of the nitrogen cycle under extreme conditions: low temperature, slinity, pH and water stress. EN: “Biology of the nitrogen cycle” / Bothe, H; Fergusons; Newton,W.E / Elsevier Science. Pp: 369-380. ISBN: 0-444-52857-1.
• Lledó, B.; Martínez-Espinosa, R.M.; Marhuenda-Egea, F.C.; Bonete, M.J. (2005). Nitrato reductasa respiratoria de Haloferax mediterranei : Del gen a la proteína. EN: “Avances en el Metabolismo del Nitrógeno: de los Microorganismos a las Plantas”. / Editores: José M. Vega, Antonio J. Márquez, A. Javier Vigara, Carlos Vílchez e Inés Garbayo. / Servicio de Publicaciones de la Universidad de Huelva. Pp: 103-112. ISBN: 84-96373-55-X.
• Martínez-Espinosa, R.M.; Lledó, B.; Marhuenda-Egea, F.C.; Bonete, M.J. (2005). Asimilación de amonio en Haloferax mediterranei : Estudios bioquímicos de la glutamina sintetasa. EN: “Avances en el Metabolismo del Nitrógeno: de los Microorganismos a las Plantas”. / Editores: José M. Vega, Antonio J. Márquez, A. Javier Vigara, Carlos Vílchez e Inés Garbayo. / Servicio de Publicaciones de la Universidad de Huelva. Pp: 167-174. ISBN: 84-96373-55-X.
• LLedó, B; Martínez-Espinosa, R.M.; Marhuenda-Egea, F.C.; Bonete,M.J. (2005). Secuenciación y análisis de la transcripción de los genes implicados en la asimilación del nitrato en el archaeon Haloferax mediterranei . EN: “Avances en el Metabolismo del Nitrógeno: De los Microorganismos a las Plantas”. / Editores: José M. Vega, Antonio J. Márquez, A. Javier Vigara, Carlos Vílchez e Inés Garbayo. / Servicio de Publicaciones de la Universidad de Huelva. Pp: 61-68. ISBN: 84-96373-55-X.
• Bonete, M.J.; Ferrer, J.; Camacho, M.; Pire, C.; Esclapez, J.; Marhuenda-Egea, F.; Martínez-Espinosa, R.M.; Díaz, S.; Llorca, F.; Pérez-Pomares, F.; Bautista, V. (2005). Enzymes from Halophilic Archaea. EN: “Micoorganisms for Industrial Enzymes and Biocontrol” / Encarnación Mellado Durán and José Luis Barredo (Editors) / Research Signpost. Pp: 1-24. ISBN: 81-308-0040-3.

Artículos en Revistas:

• Torregrosa-Crespo, J.; Martínez-Espinosa, R.M.; Esclapez, J.; Bautista, V.; Pire, C.; Camacho, M.; Richardson, D.J.; Bonete, M.J. (2016). Anaerobic Metabolism in Haloferax Genus: Denitrification as Case of Study. Advances in Microbial Physiology 68: 41 – 85.
• Vidal  V, Ortiz J, Diaz JI, Zafrilla  B, Bonete MJ, Ruiz de Ybañez  R, Palacios MJ, Benzal J, Valera F, De la Cruz C, Motas M, Bautista V, Machordom A, Barbosa A (2016). Morphological, molecular and phylogenetic analyses of the spirurid nematode Stegophorus macronectes (Johnston & Mawson, 1942). Journal of Helminthology 90: 214–222.
• Esclapez, J.; Pire, C.; Camacho, M.; Bautista, V.; Martínez-Espinosa, R.M.; Zafrilla, B.; Vegara, A.; Alcaraz, L.A.; Bonete, M.J. (2015). Transcriptional profiles of Haloferax mediterranei based on nitrogen availability. Journal of Biotechnology 193: 100 – 107.
• Martínez-Espinosa RM, Richardson DJ, Bonete MJ. (2015). Characterisation of chlorate reduction in the haloarchaeon Haloferax mediterranei . Biochimica et Biophysica Acta 1850(4):587-94.
• Rodrigo-Baños M, Barbayo I, Vilchez C, Bonete  MJ, Martínez-Espinosa RM. (2015). Carotenoids from Haloarchaea and Their Potential in Biotechnology. Marine Drugs 13(9): 5508-5532.
• Torregrosa-Crespo, J.; Pire, C.; Esclapez, J.; Camacho, M.; Bonete, M.J.; Martínez-Espinosa, R.M. (2015). Uses of haloarchaea in wastewater treatments combining denitrification and nitrification processes. Journal of Earth Science & Climatic Change 6:5.
• Palanca, C.; Pedro-Roig, L.; Llacer, J.L.; Camacho, M.; Bonete, M.J.; Rubio, V. (2014). The structure of a PII signaling protein from a halophilic archaea reveals novel traits and high salt adaptations. FEBS Journal 281: 3299 – 3314.
• Esclapez, J.; Bravo-Barrales, G.; Bautista, V.; Pire, C., Camacho, M.; Bonete, M.J. (2014). Effects of nitrogen sources on the nitrate assimilation in Haloferax mediterranei : growth kinetics and transcriptomic analysis. FEMS Microbiology Letters 350(2): 168 – 174.
• Pedro-Roig, L.; Lange, C.; Bonete, M.J.; Soppa, J.; Maupin-Furlow, J. (2013). Nitrogen regulation of protein–protein interactions and transcript levels of GlnK PII regulator and AmtB ammonium transporter homologs in Archaea. MicrobiologyOpen 2(5): 826-840.
• Esclapez, J.; Zafrilla, B.; Martínez-Espinosa, R.M.; Bonete, M.J. (2013). Cu-NirK from Haloferax mediterranei as an example of metalloprotein maturation and exportation via Tat system. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics 1834: 1003-1009.
• Pedro-Roig, L.; Camacho, M.; Bonete, M.J. (2013). Haloferax mediterranei GlnK proteins are post-translationally modified by uridylylation. Proteomics 13(8): 1371 – 1374.
• Pedro-Roig, L.; Camacho, M.; Bonete, M.J. (2013). Regulation of ammonium assimilation in Haloferax mediterranei : interaction between glutamine synthetase and two GlnK proteins. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics 1834(1): 16 – 23.
• Bautista, V.; Esclapez, J.; Pérez-Pomares, F.; Martínez-Espinosa, R.M.; Camacho, M.; Bonete, M.J. (2012). Cyclodextrin glycosyltransferase: a key enzyme in the assimilation of starch by the halophilic archaeon Haloferax mediterranei . Extremophiles 16(1): 147 – 159.
• Madern, D.; Camacho, M.; Rodríguez-Arnedo, A.; Bonete, M.-J.; Zaccai, G. (2004). Salt dependent studies of NADP-dependent isocitrate dehydrogenase from the halophilic archaeon Haloferax volcanii . Extremophiles 8: 377–384.
• Camacho, M.; Rodriguez-Arnedo, A.; Bonete, M.J. (2002). The NADP-dependent isocitrate dehydrogenase from the halophilic archaeon Haloferax volcanii : cloning, sequence determination and overexpression in Escherichia coli . Microbiology Letters 209: 155-160.
• Zafrilla,B.;Martínez-Espinosa,R.M.; Bonete,M.J.;Butt, J.N.; Richardson, D.J.; Gates, A.J. (2011). A haloarchaeal ferredoxin electron donor that plays an essential role in nitrate assimilation. Biochemical Society Transactions 39: 1844 – 1848.
• Pedro-Roig, L.; Camacho, M.; Bonete, M.J. (2011). In vitro proof of direct regulation of GS by GlnK proteins in the extreme halophilic archaeon Haloferax mediterranei . Biochemical Society Transactions 39(1): 259-262.
• Zafrilla, B.; Martínez-Espinosa, R.M.; Esclapez, J.; Pérez-Pomares, F.; Bonete, M.J. (2010). SufS protein from Haloferax volcanii involved in Fe-S cluster assembly in haloarchaea. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics 1804 (7): 1476-1482.
• Zafrilla, B.; Martínez-Espinosa, R.M.; Alonso, M.A.; Bonete, M.J. (2010). Biodiversity of archaea and floral of two inland saltern ecosystems in the Alto Vinalopó Valley, Spain. Saline Systems 6 (10).
• Baker,P; Britton, K.; Fisher, M.; Esclapez, J.; Pire, C.; Bonete, M.J.; Ferrer, J.; Rice, D.W. (2009). Active site dynamics in the zinc-dependent medium chain alcohol dehydrogenase superfamily. Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of Ame 106 (3): 779-784.
• Pérez-Pomares, F.; Díaz, S.; Bautista, V.; Pire, C.; Bravo, G.; Esclapez, J.; Zafrilla, B.; Bonete, M.J. (2009). Identification of several intracellular carbohydrate degrading activities from the halophilic archaeon Haloferax mediterranei . Extremophiles 13 (4): 633-641.
• Martínez-Espinosa, R. M.; Lledó, B.; Marhuenda-Egea, F.C.; Díaz, S.; Bonete, M.J. (2009). NO3 ^- /NO2 ^- assimilation in halophilic archaea: physiological analysis, nasA and nasD expressions. Extremophiles 13: 785-792.
• Pire, C.; Esclapez, J.; Díaz, S.; Pérez-Pomares, F.; Ferrer, J.; Bonete, M.J. (2009). Alteration of coenzyme specificity in halophilic NAD (P) glucose dehydrogenase by site-directed mutagenesis. Journal of Molecular Catalysis B-Enzymatic 59 (4): 261-265.
• Bonete, M.J.; Martínez-Espinosa, R.M.; Pire, C.; Zafrilla, B.; Richardson, D.J. (2008). Nitrogen metabolism in Haloarchaea. Saline Systems 4: 9.
• Esclapez, J.; Pire,C; Bautista, V.; Martinez-Espinosa, R.M.; Ferrer, J.; Bonete, M.J. (2007). Analysis of acidic surface of Haloferax mediterranei glucose dehydrogenase by site-directed mutagenesis. FEBS Letters 581 (5): 837-842.
• Martinez-Espinosa, R.M.; Bonete, M.J. (2007). Bioremediation of chlorate and perchlorate salted water using in Haloferax mediterranei . Journal of Biotechnology Supl 1.
• Martínez-Espinosa, R.M.; Lledó, B.; Marhuenda-Egea, F.C.; Bonete, M.J. (2007). The effect of ammonium on assimilatory nitrate reduction in the haloarchaeon Haloferax mediterranei . Extremophiles 11 (6): 759-767.
• Martínez-Espinosa, R.M.; Zafrilla, B.; Camacho, M.; Bonete, M.J. (2007). Nitrate and nitrite removing from salted water by Haloferax mediterranei . Biocatalysis and Biotransformation 25 (2-4): 295-300.
• Martínez Espinosa, R.M.; Dridge, E.J.; Bonete, M.J.; Butt, J.N.; Butler, C.S.; Sargent, F.; Richardson, D.J. (2007). Look on the positive side! The orientation, identification and bioenergetics of “Archaeal” membrane-bound nitrate reductases. FEMS Microbiology Letters 276 (2): 129-139.
• Martínez-Espinosa, R.M.; Richardson, D.; Butt, J.; Bonete, M.J. (2007). Spectropotentiometric analysis and Salt-dependent thermotolerance of a [2Fe-2S] ferredoxin involved in nitrate assimilation in Haloferax mediterranei . FEMS Microbiology Letters 277 (1): 50-55.
• Díaz, S.; Pérez-Pomares, F.; Pire, C.; Ferrer, J.; Bonete, M.J. (2006). Gene cloning, heterologous overexpression and optimized refolding of the NAD-glutamate dehydrogenase from Haloferax mediterranei . Extremophiles 10 (2): 105-115.
• Britton, K.; Baker, P.; Fisher, M.; Ruzheinikov, S.; Gilmour, D.; Bonete. M.J.; Ferrer, J.; Pire, C.; Esclpaez, J.; Rice, D. (2006). Analysis of Protein solvent interactions in Glucose Dehydrogenase from the extreme halophile Haloferax mediterranei . Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of Ame 103 (13): 4846-4851.
• Martínez-Espinosa, R.M.; Esclapez, J.; Bautista, V.; Bonete, M.J. (2006). An octameric prokaryotic glutamine synthetase from the haloarchaeon Haloferax mediterranei . FEMS Microbiology Letters 264: 110-116.
• Martínez-Espinosa, R.M.; Richardson, D.J.; Butt, J.N.; Bonete, M.J. (2006). Respiratory nitrate and nitrite pathway in the denitrifier haloarchaeon Haloferax mediterranei . Biochemical Society Transactions 34 (1): 115-117.
• Bautista,V.; Esclapez, J.; Martínez-Espinosa, R.M.;  Pérez-Pomares, F.; Camacho, M.; Bonete, M.J. (2006). Heterologous overexpression of a halophilic alfa-amylase. Microbial Cell Factories 5 (Suppl 1): P13.
• Esclapez, J.; Bonete, M.J.; Camacho, M.; Pire, C.; Ferrer, J.; Bautista, V.; Martínez-Espinosa, R.M.; Zafrilla, B.; Pérez-Pomares, F.; Díaz,S. (2006). An optimized method to produce halophilic proteins in Escherichia coli . Microbial Cell Factories 5 (Suppl 1): S22.
• Esclapez, J.; Britton, L.K.; Baker, P.J.;  Fisher, M.; Pire, C.; Ferrer, J.; Bonete, M.J.; and Rice, D.W. (2005). Crystallization and preliminary X-ray analysis of binary and ternary complexes of Haloferax mediterranei glucose dehydrogenase. Acta Crystallographica Section F Structural Biology and Crystallization Communications F61 (8): 743-746.
• Rodríguez-Arnedo, A.; Camacho, M.; Llorca, F.; Bonete, M.-J. (2005). Complete Reversal of Coenzyme Specificity of Isocitrate Dehydrogenase from Haloferax volcanii . The Protein Journal 24 (5): 259-266.
• Lledó, B.; Martínez-Espìnosa, R.M.; Marhuenda-Egea, F.C.; Bonete, M.J. (2005). Identification and transcriptional analysis of the nitrate assimilation genes from the halophilic archaeon Haloferax mediterranei . Gene 361: 80-88.

PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN RECIENTES

• “Adaptaciones metabólicas de haloarqueas en respuesta a diferentes condiciones nutricionales” (BIO2013-42921-P). Ministerio de Economía y Competitividad. Investigador responsable:  BONETE PÉREZ, MARÍA JOSÉ. Duración: 01/01/2014 - 31/12/2017.
• “Biotecnología de Extremófilos (BIOTECEXTREM)” (VIGROB-016). Universidad de Alicante. Investigador responsable:  BONETE PÉREZ, MARÍA JOSÉ. Duración: 01/01/2016 - 31/12/2016.
• “Biotecnología de Extremófilos (BIOTECEXTREM)” (VIGROB-016). Universidad de Alicante. Investigador responsable:  BONETE PÉREZ, MARÍA JOSÉ. Duración: 01/01/2015 - 31/12/2015.
• “Biotecnología de Extremófilos (BIOTECEXTREM)” (VIGROB-016). Universidad de Alicante. Investigador responsable:  BONETE PÉREZ, MARÍA JOSÉ. Duración: 01/01/2014 - 31/12/2014.
• “Proteínas de extremófilos” (VIGROB-016). Universidad de Alicante. Investigador responsable:  BONETE PÉREZ, MARÍA JOSÉ. Duración: 01/01/2013 - 31/12/2013.
• “Proteínas de extremófilos” (VIGROB-016). Universidad de Alicante. Investigador responsable:  BONETE PÉREZ, MARÍA JOSÉ. Duración: 01/01/2012 - 31/12/2012.
• “Genómica y proteómica para el estudio de la regulación de la asimilación del nitrógeno en arqueas halofílicas” (ACOMP/2010/049). Generalitat Valenciana. Investigador responsable:  BONETE PÉREZ, MARÍA JOSÉ. Duración: 01/01/2009 - 31/12/2011.
• “Utilización de marcadores moleculares en la determinación de la variedad de almendra” (CAL03078C03). Ministerio de Ciencia y Tecnología (INIA). Investigador responsable:  BONETE PÉREZ, MARÍA JOSÉ. Duración: 01/01/2004 - 31/12/2006.
• “Excavación arqueológica / Investigación multidisciplinar en la Regio VII, ínsula 3 de Pompeya, y las murallas de Pompeya” (ACIE11-10). Universidad de Alicante. Investigador responsable: Uroz Saez, Jose. Duración: 01/01/2011-31/12/2011.
• “Proteínas de extremófilos” (VIGROB-016). Universidad de Alicante. Investigador Responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/01/2011-31/12/2011.
• “Genómica y proteómica para el estudio de la regulación de la asimilación del nitrógeno en arqueseas halofílicas” (ACOMP/2010/049). Consellería de Educación. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/01/2010-31/12/2010.
• “Proteínas de extremófilos” (VIGROB-016). Universidad de Alicante. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/01/2010-31/12/2010.
• “Lector de microplacas (infraestructura)” (UAINFRA10-01). Universidad de Alicante. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 27/07/2010-31/12/2010.
• “Genómica y proteómica para el estudio de la regulación de la asimilación del nitrógeno en arqueas halofílicas” (BIO2008-00082). Ministerio de Educación y Ciencia. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/01/2009-31/12/2011.
• “Proteínas de extremófilos” (VIGROB-016). Universidad de Alicante. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/01/2009-31/12/2009.
• “Investigación multidisciplinar (histórico-arqueológica, arquitectónica, arqueométrica, de biología molecular) en la Regio VII, Insula 3 de Pompeya (Italia)” (ACIE09-03). Universidad de Alicante. Investigador responsable: Uroz Saez, Jose. Duración: 28/09/2009-31/12/2009.
• “Proyecto Pompeya: excavación de la Regio VII, Insula 3- La murallas de Pompeya” (IPCE/POMPEYA09). Universidad de Alicante. Investigador responsable: Uroz Saez, Jose. Duración: 01/07/2009-31/12/2009.
• “Interfase HPLC-CHIP Cube (infraestructura)” (PPCC2009/17). Consellería de Educación. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/01/2009-31/12/2009.
• “Investigación multidisciplinar (histórico-arqueológica, arquitectónica, arqueométrica, de biología molecular) en la Regio VII, Insula 3 de Pompeya (Italia)” (ACIE08-09). Universidad de Alicante. Investigador responsable: Uroz Saez, Jose. Duración: 22/09/2008-31/12/2008.
• “Proyecto Pompeya: excavación de la Regio VII, Insula 3” (IPHE/POMPEYA08). Universidad de Alicante. Investigador responsable: Uroz Saez, Jose. Duración: 01/07/2008-31/12/2008.
• Impartir conferencia inaugural de la "Reunión Nacional del Metabolismo del Nitrógeno (estancia de investigador invitado)” (INV08-21). Universidad de Alicante. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 21/04/2008-26/04/2008.
• “Procesado y pirólisis de polímeros” (ATI07-04). Universidad de Alicante. Investigador responsable: Marcilla Gomis, Antonio Francisco. Duración: 30/01/2008-29/01/2010.
• “IX Reunión Nacional del Metabolismo del Nitrógeno” (AORG/2008/001). Consellería de Educación. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/01/2008-31/12/2008.
• “Cámara de anaerobiosis (infraestructura)” (UAINFRA07-02). Universidad de Alicante. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 08/11/2007-07/11/2008.
• “Proteínas de Extremófilos” (VIGROB-016). Universidad de Alicante. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/09/2007-31/08/2009.
• “Proyecto Pompeya: excavación de la Regio VII, Insula 3” (IPHE/POMPEYA07). Ministerio de Cultura. Investigador responsable: Uroz Saez, Jose. Duración: 29/06/2007-31/12/2007.
• “Estudio de viabilidad del uso de microorganismos halofílicos desnitrificantes en la biorremediación de aguas salinizadas con altas concentraciones de nitratos y nitritos”. (AE/07/091). Consellería de Empresa Universidad y Ciencia. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/01/2007-31/12/2007.
• “Red Nacional de Organismos Extremófilos” (BIO2006-27047-E). Ministerio de Educación y Ciencia. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/10/2006-30/09/2008.
• “Pompeya: excavación de la Rego VII, Insula 3” (IPHE-POMPEYA06). Ministerio de Cultura. Investigador responsable: Uroz Saez, Jose. Duración: 03/07/2006-31/12/2006.
• “Utilización de marcadores moleculares en la determinación de la variedad de la almendra” (ACOMP06/010). Consellería de Empresa Universidad y Ciencia. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/01/2006-31/12/2006.
• “Proteínas de extremófilos” (VIGROB-016). Universidad de Alicante. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/07/2006-30/06/2008.
• “Análisis de los determinantes estructurales de la estabilidad de proteínas halofílicas” (BIO2005-08991-C02-01). Ministerio de Educación y Ciencia. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 31/12/2005-31/12/2008.
• “Bioquímica y Biología Molecular” (VIGROB-016). Universidad de Alicante. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/10/2005-30/09/2007.
• “Proyecto Pompeya. Excavación Regio VII, Insula III” (IPHE-POMPEYA05). Ministerio de Cultura. Investigador responsable: Uroz Saez, Jose. Duración: 01/07/2005-31/12/2005.
• “Determinación de la viabilidad de los biopolímeros en la industria del calzado” (IMCITA/2005/29). Instituto de la Mediana y Pequeña Industria Valenciana. Investigador responsable: Marcilla Gomis, Antonio Francisco. Duración: 01/01/2005-31/12/2005.
• “Fermentador de laboratorio modelo BIOSTAT-B2” (INFRAESTRUCTURA05/003). Consellería de Empresa Universidad y Ciencia. Investigador responsable: BONETE PEREZ, MARIA JOSE. Duración: 01/01/2005-31/12/2006.